XI საუკუნიდან კლარჯეთში აღმშენებლობით სამუშაოებს მთავარი დასაყრდენი — ბაგრატიონთა მხარდაჭერა გამოეცალა. 1001 წელს გარდაიცვალა დავით კურაპალატი, 1008 წელს — გურგენი. გაერთიანებული საქართველოს სამეფო კარი კლარჯეთიდან დასავლეთ საქართველოში, ქუთაისში გადავიდა. ბაგრატიონთა კლარჯულმა შტომ ფაქტობრივად არსებობა შეწყვიტა — მათი ნაწილი ბაგრატ III-მ ციხეში გამოამწყვდია, სხვებმა კი გაქცევით უშველეს თავს. სამხრეთ საქართველოში ბაგრატიონები აღარ დარჩნენ, რაც თავიდანვე აისახა ამ რეგიონის კულტურულ ცხოვრებაზე.
XI საუკუნის II ნახევრიდან საქართველოში მდგომარეობა გაუარესდა. მესოპოტამიაში დამკვიდრებული თურქ-სელჩუკები თანდათან კავკასიისა და მცირე აზიისაკენ მოიწევდნენ. 1065 წელს სულთან ალფ-არსლანის მეთაურობით ჯავახეთი დაარბიეს, 1068 წელს კი კახეთი და ქართლი. ამ პერიოდში თურქ-სელჩუკები უკვე ღრმად იყვნენ შეჭრილი მცირე აზიაში. 1071 წლის აგვისტოში მათ მანზიკერტის ბრძოლაში დაამარცხეს ბიზანტიის არმია, რამაც ახლო აღმოსავლეთში ძალთა თანაფარდობა მკვეთრად შეცვალა. 1080 წელს სელჯუკები სულთან მელიქ-შაჰის მეთაურობით მეორედ შემოესივნენ საქართველოს და თითქმის ყველა კუთხე დალაშქრეს. კლარჯეთი, რომელშიც სამი საუკუნის განმავლობაში მუსლიმი დამპყრობელი არ შესულა, განსაკუთრებით მძიმე მდგომარეობაში აღმოჩნდა. დავით აღმაშენებლის ისტორიკოსის ცნობით, „... კლარჯეთი ზღვის პირამდის ... აღივსო თურქითა“. აღსანიშნავია რომ იმავე ისტორიკოსთან მელიქ-შაჰი საკმაოდ კარგადაა დახასიათებული და ქრისტიანთა სიყვარულიც კი მიეწერება. თუმცა, როგორც იმავე ნაწარმოებში ირკვევა, დამპყრობლები არ გამოირჩეოდნენ გულმოწყალებით:
“ერთსა დღესა დაწუეს ქუთათისი, და არტანუჯი, და უდაბნონი კლარჯეთისანი.”
მეცნიერები ზუსტად ვერ ამბობენ, კონკრეტულად რა ზარალი მიადგა კლარჯეთს, მის სამონასტრო კომპლექსებს, თუმცა ფაქტია, რომ მონასტერთა გადაწვას უმრავლეს შემთხვევაში ნგრევა არ გამოუწვევია (ხანძთა, შატბერდი, ოპიზა). თურქ-სელჩუკების ბატონობა კლარჯეთში მეტნაკლები ინტენსივობით XII საუკუნის დასაწყისამდე გაგრძელდა, სანამ დავით აღმაშენებელმა არ განდევნა ისინი.
XII საუკუნიდან, როდესაც კლარჯეთი უკვე გაერთიანებული ფეოდალური საქართველოს ნაწილს წარმოადგენს, კლარჯეთის აქტუალურობა, როგორც ჩანს დაიკარგა. ეს ერთი მხრივ გამოწვეული იყო სამეფო კარის კლარჯეთიდან ჯერ ქუთაისში, შემდეგ კი ტფილისში გადასვლით; ხოლო მეორე მხრივ იმით, რომ ბაგრატიონები მეტ ყურადღებას ქვეყნის შიდა, ცენტრალურ რეგიონებს უთმობდნენ. XII–XIII საუკუნეების ეკლესიები კლარჯეთში ცნობილი არაა. შემდგომი პერიოდიდანაც XVI საუკუნემდე აქ მხოლოდ ორიოდე უმნიშვნელო საკულტო ნაგებობაა.
×