გვარი წარმომდგარია სიტყვიდან ღუღუნი. ამ ნიშნითაა მიღებული როგორც მამაკაცის, ასევე ქალის საკუთარი სახელი – ღუღუნა. ეს სახელი ბევრგან მეტსახელადაც გვხვდება.
ღუღუნიშვილებში გავრცელებული გადმოცემის მიხედვით, ადრე მათი გვარი ბაგრატიონი ყოფილა და მოგვიანებით, ერთ-ერთი მოღიღინე, საამური ხმის მქონე პიროვნების პატივსაცემად, მეორე, დამატებითი გვარი გასჩენიათ და გაჰგვარებიათ კიდეც. თუმცა, ამ ვერსიაზე კვლევა-ძიების შემდეგ, რაიმე დამამტკიცებელი საბუთი ვერ მოიძია. ბაგრატიონებს ჰქონდათ შტო-გვარები: გოჩა ბაგრატიონიდან – გოჩაშვილი, დავითისა და რამაზისგან – დავითაშვილი, რამაზაშვილი და ასე შემდეგ.
ღუღუნიშვილების თავდაპირველი გვარი ყოფილა ასათიანი. ცნობილია, რომ ასათიანები ცხოვრობდნენ ლეჩხუმში, იმერეთში, გურიასა და სვანეთშიც. ამ კუთხეები ვხვდებით ღუღუნიშვილებსაც.
ერთ-ერთი ვერსიით, ღუღუნაშვილ-ღუღუნიშვილების დამკვიდრებული გვარი სათავეს იღებს იმერეთში ბერი ასათიანისგან. 1619 წლის შეწირულობის წიგნში დასახელებულია ღუღუნასშვილი – ბერი ასათიანი. მას იმერთა მეფის, ბაგრატ მესამის სახასო ყმა სალდაყმაძე მოუკლავს და ამის საფუძველზე მეორე გვარი მიუღია.
საქართველოში 1 474 ღუღუნიშვილი ცხოვრობს: ჭიათურაში – 777, თბილისში – 193, საჩხერეში – 181. არიან სხვაგანაც.