გვარის ფუძეა მეტსახელი გაგანა.
1721 წლის აღწერაში მოიხსენიებიან გიორგი, პაატა და ხარება გაგნიძეები. გაგნიძეები ასურეთში სოფელ ქლუხორიდან გადასახლებულან 1957 წელს.
საქართველოში 3 741 გაგნიძე ცხოვრობს: თბილისში – 1 559, ხაშურში – 309, თელავში – 298. არიან სხვაგანაც.